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令和6年度(2024年度)実施の熊本県薬局電子処方箋活用・普及促進事業費補助金における消費税仕入控除税額の確定に伴う報告について
このため、この補助金の受入に関する課税売上はゼロである一方で、補助事業の対象経費を課税仕入とした場合、課税事業者は消費税相当の金額の還付を受けることが可能です。
これを国・地方公共団体からみると、補助金を交付し、かつ消費税を還付したことになり、結果として消費税相当分を二重に支払っていることになります。
このことから、標記の補助金については、「熊本県薬局電子処方箋の活用・普及促進事業費補助金交付要項」第10条において、補助事業完了後の消費税及び地方消費税の申告により、補助金に係る消費税及び地方消費税の仕入控除税額が確定した場合、補助事業者は速やかに県知事に報告し、当該仕入控除税額を県へ返還することとしております。
つきましては、補助金の仕入控除税額に係る下記の提出書類を、提出していただきますようお願いします。
【消費税及び地方消費税に係る仕入控除税額報告の対象者】
【報告の時期】
仕入控除税額報告は、この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含む消費税及び地方消費税を所轄税務署に確定申告した後に行うものです。
消費税及び地方消費税の納税義務がなく、確定申告を行う必要がない事業者は、納税義務がないことがわかった時点で速やかに報告してください。
なお、仕入控除税額に係る報告は令和8年(2026年)5月31日(日曜日)までに報告しなければなりませんが、その期限を待たずに、消費税及び地方消費税の確定申告を所管税務署に行った場合は、速やかに県へ仕入控除税額の報告をしてください。
【提出の流れ】
手順1 消費税及び地方消費税の納税義務が免除されるか確認する
・免税事業者
消費税及び地方消費税の課税期間に係る基準期間における課税売上高が1,000万円以下の事業者は、消費税及び地方消費税の納税義務が免除されます。(ただし、適格請求書発行事業者は、基準期間における課税売上高にかかわらず、納税義務は免除されません。)
消費税及び地方消費税の納税義務が免除されているか否か、課税売上高やこれまでの確定申告の状況などにより確認してください。
消費税及び地方消費税の納税義務が免除されている場合は、補助金の返還額は0円です。
(参考)納税義務の免除<外部リンク>(国税庁のホームページ)
・納税義務者
基準期間の課税売上高が1,000万円を超える場合は、消費税及び地方消費税の納税義務があります。
この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含む消費税及び地方消費税の確定申告書により、確定申告の際の課税方式を確認してください。
手順2 課税方式を確認する
この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含む消費税及び地方消費税の確定申告書(第1表)により、確定申告の際の課税方式を確認してください。
※以下の表には、主な課税方式等の確認方法を記載しています。
| 確認事項 | 課税方式 |
|---|---|
| 右側に○簡(○の中に「簡」の文字)の記号が表示されている | 簡易課税方式 |
| 「税額控除にかかる経過措置の適用(2割特例)」が選択されている | 2割特例方式 |
| 控除税額の計算方法の欄で「個別対応方式」が選択されている | 個別対応方式 |
| 控除税額の計算方法の欄で「一括比例配分方式」が選択されている | 一括比例配分方式 |
| 控除税額の計算方法の欄で「全額控除」が選択されている | 全額控除 |
手順3 提出書類を確認する
| 課税方式 | 提出書類等 | |
|---|---|---|
| 共通 |
仕入控除税額報告書(様式第4号) 1部 様式第4号 (Wordファイル:17KB) 記載例 (PDFファイル:83KB) (注意)仕入控除額税額報告書は、交付決定通知書毎に提出してください。(県からの交付決定通知書が複数回届いている場合、該当します。) ・同一法人で複数回申請した場合:それぞれの申請毎 ・同一年度内で区分1と区分2、別々に補助を受けた場合:それぞれの区分毎 |
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| 課税方式等 | 個別対応方式 |
1 参考計算書(個別) 1部 参考計算書(個別)記載例付き (Excelファイル:37KB) 2 消費税及び地方消費税確定申告書(第一表)の写し 1部 ※この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含むもの。 【参考】消費税及び地方消費税確定申告書における確認ポイント (PDFファイル:763KB) 3 課税売上割合・控除対象仕入額等の計算表(付表2)の写し 1部 ※確定申告時に添付したもの |
| 一括比例配分方式 |
1 参考計算書(一括) 1部 参考計算書(一括)記載例付き (Excelファイル:36KB) 2 消費税及び地方消費税確定申告書(第一表)の写し 1部 ※この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含むもの。 【参考】消費税及び地方消費税確定申告書における確認ポイント (PDFファイル:763KB) 3 課税売上割合・控除対象仕入額等の計算表(付表2)の写し 1部 ※確定申告時に添付したもの |
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| 全額控除 |
1 参考計算書(全額控除) 1部 参考計算書(全額控除) 記載例付き(Excelファイル:30KB)2 消費税及び地方消費税確定申告書(第一表)の写し 1部 ※この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含むもの。 |
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消費税の納税義務免除者 簡易課税方式 2割特例方式 |
1 参考計算書(返還なし) 1部 参考計算書(変換なし)記載例付き (Excelファイル:36KB) 2 消費税及び地方消費税確定申告書(第一表)の写し 1部 ※この補助金の交付を受けた時期を課税期間に含むもの。 【参考】消費税及び地方消費税確定申告書における確認ポイント (PDFファイル:763KB) ※※上記2種の書類のほか、返納がない理由に応じて別途必要な書類が必要となる場合があります。 |
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手順4 仕入控除税額(返納額)を計算し、仕入控除税額報告書を作成
【仕入控除税額報告書別紙の作成】
〇課税方式が個別対応方式・一括比例配分方式・全額控除の場合、補助金の返納が発生することがあります。
準備した「消費税及び地方消費税確定申告書(第1表)の写し」と「課税売上割合・控除対象仕入額等の計算表(付表2)」を基に、「参考計算書(個別、一括、全額控除)」に必要事項を記入することで仕入控除税額(返納額)を計算してください。
※Excel版の仕入控除税額報告書を使用される場合は、青色網掛けのセルのみ入力してください。所定のセルに返納額を計算する関数をあらかじめ設定しています。
※確定申告書(第1表)や計算表(付表2)の見方については、各チェックポイントを参考にしてください。
※報告書別紙(個別、一括、全額控除)の記入方法については、各記載例を参考にしてください。
〇消費税の納税義務免除者や、簡易課税方式、2割特例方式により確定申告を行っている場合など、補助金の返納がない場合は、その理由などを「参考計算書(その他)」に記載してください。
※参考計算書(その他)の記入方法については、記載例を参考にしてください。
【仕入控除税額報告書(様式4)の作成】
記載例を参考に、仕入控除税額報告書(様式4)へ必要事項を記入してください。
手順5 仕入控除税額報告書を提出
作成した書類一式をインターネット(インターネットを利用できない場合は郵送)で提出してください。
※提出前に、
・仕入控除税額報告書(様式4)
・参考計算書(個別、一括、全額控除、その他)のいずれか
・添付資料
の3種類が揃っているか確認してください。
【インターネットでの提出先】
(アドレス:リンク貼付)+QRコード
【郵送での提出先(インターネットで送付できない場合)】
熊本県健康福祉部健康局薬務衛生課 電子処方箋補助金担当 宛
〒862-8570(郵便番号だけでも届きます) 熊本市中央区水前寺6丁目18番1号
※封筒には、「仕入控除税額報告書在中」と朱書きしてください。
【仕入控除税額報告書の提出後について】
【仕入控除税額(返納額)が0円の場合】
手続きは完了です。
提出書類に不備等がある場合は、担当部署からご連絡をさせていただく場合があります。
【仕入控除税額(返納額)が0円でない場合(返納がある場合)】
提出書類を確認の上、補助金の返納に関する納入通知書を送付します。(令和9年2~3月頃)
納入通知書の記載内容をご確認の上、納入通知書に記載の期日までに返納していただきますようお願いします。

